@article {Swain161117, author = {Timothy D. Swain}, title = {Revisiting the phylogeny of Zoanthidea (Cnidaria: Anthozoa): staggered alignment of hypervariable sequences improves species tree inference}, elocation-id = {161117}, year = {2017}, doi = {10.1101/161117}, publisher = {Cold Spring Harbor Laboratory}, abstract = {The recent rapid proliferation of novel taxon identification in the Zoanthidea has been accompanied by a parallel propagation of gene trees as a tool of species discovery, but not a corresponding increase in our understanding of phylogeny. This disparity is caused by the trade-off between the capabilities of automated DNA sequence alignment and data content of genes applied to phylogenetic inference in this group. Conserved genes or segments are easily aligned across the order, but produce poorly resolved trees; hypervariable genes or segments contain the evolutionary signal necessary for resolution and robust support, but sequence alignment is daunting. Staggered alignments are a form of phylogeny-informed sequence alignment composed of a mosaic of local and universal regions that allow phylogenetic inference to be applied to all nucleotides from both hypervariable and conserved gene segments. Comparisons between species tree phylogenies inferred from all data (staggered alignment) and hypervariable-excluded data (standard alignment) demonstrate improved confidence and greater topological agreement with other sources of data for the complete-data tree. This novel phylogeny is the most comprehensive to date (in terms of taxa and data) and can serve as an expandable tool for evolutionary hypothesis testing in the Zoanthidea.Resumen Spanish language translation by Lisbeth O. Swain, DePaul University, Chicago, Illinois, 60604, USA.Aunque la proliferaci{\'o}n reciente y acelerada en la identificaci{\'o}n de taxones en Zoanthidea ha sido acompa{\~n}ada por una propagaci{\'o}n paralela de los {\'a}rboles de genes como una herramienta en el descubrimiento de especies, no hay una correspondencia en cuanto a la ampliaci{\'o}n de nuestro conocimiento en filogenia. Esta disparidad, es causada por la competencia entre la capacidad de los alineamientos de secuencia del {\'a}cido desoxirribonucleico (ADN) automatizados y la informaci{\'o}n contenida en los datos de genes que se aplican a los m{\'e}todos de inferencia filogen{\'e}tica en este grupo de Zoanthidea. Las regiones o segmentos de genes conservados son f{\'a}cilmente alineados dentro del orden; sin embargo, producen {\'a}rboles de genes con resultados paup{\'e}rrimos; adem{\'a}s, aunque estas regiones hipervariables de genes o segmentos contienen las se{\~n}as evolutivas necesarias para apoyar la construcci{\'o}n robusta y completa de {\'a}rboles filogen{\'e}ticos, estos genes producen alineamientos de secuencia abrumadores. Los alineamientos escalonados de secuencias son una forma de alineamientos informados por la filogenia y compuestos de un mosaico de regiones locales y universales que permiten que inferencias filogen{\'e}ticas sean aplicadas a todos los nucle{\'o}tidos de regiones hipervariables y de genes o segmentos conservados. Las comparaciones entre especies de {\'a}rboles filogen{\'e}ticos quese infirieron de los datos de alineamientos escalonados y los datos hipervariables excluidos (alineamiento estandarizado), demuestran un mejoramiento en la confiabilidad y un mayor acuerdo tipol{\'o}gico con respecto a otras fuentes que contienen {\'a}rboles filogen{\'e}ticos hechos de datos m{\'a}s completos. Esta nueva forma escalonada de filogenia es una de los m{\'a}s compresibles hasta la fecha (en t{\'e}rminos de taxones y datos) y que pueden servir como una herramienta de amplificaci{\'o}n para probar la hip{\'o}tesis evolutiva de Zoanthidea.}, URL = {https://www.biorxiv.org/content/early/2017/07/09/161117}, eprint = {https://www.biorxiv.org/content/early/2017/07/09/161117.full.pdf}, journal = {bioRxiv} }