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De novo identification, differential analysis and functional annotation of SNPs from RNA-seq data in non-model species
Hélène Lopez Maestre, Lilia Brinza, Camille Marchet, Janice Kielbassa, Sylvère Bastien, Mathilde Boutigny, David Monnin, Adil El Filali, Claudia Marcia Carareto, Cristina Vieira, Franck Picard, Natacha Kremer, Fabrice Vavre, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
doi: https://doi.org/10.1101/035238
Hélène Lopez Maestre
1Université de Lyon, F-69000, Lyon; Université Lyon 1; CNRS, UMR5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, F-69622, Villeurbanne, France
2EPI ERABLE - Inria Grenoble - Rhône-Alpes
Lilia Brinza
3PT Génomique et Transcriptomique, BIOASTER, Lyon, France
Camille Marchet
1Université de Lyon, F-69000, Lyon; Université Lyon 1; CNRS, UMR5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, F-69622, Villeurbanne, France
2EPI ERABLE - Inria Grenoble - Rhône-Alpes
Janice Kielbassa
4Synergie-Lyon-Cancer, Universite Lyon 1, Centre Leon Berard, Lyon, France
Sylvère Bastien
1Université de Lyon, F-69000, Lyon; Université Lyon 1; CNRS, UMR5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, F-69622, Villeurbanne, France
2EPI ERABLE - Inria Grenoble - Rhône-Alpes
Mathilde Boutigny
1Université de Lyon, F-69000, Lyon; Université Lyon 1; CNRS, UMR5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, F-69622, Villeurbanne, France
2EPI ERABLE - Inria Grenoble - Rhône-Alpes
David Monnin
1Université de Lyon, F-69000, Lyon; Université Lyon 1; CNRS, UMR5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, F-69622, Villeurbanne, France
Adil El Filali
1Université de Lyon, F-69000, Lyon; Université Lyon 1; CNRS, UMR5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, F-69622, Villeurbanne, France
Claudia Marcia Carareto
5Department of Biology, UNESP - São Paulo State University, São José do Rio Preto, São Paulo, Brazil
Cristina Vieira
1Université de Lyon, F-69000, Lyon; Université Lyon 1; CNRS, UMR5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, F-69622, Villeurbanne, France
2EPI ERABLE - Inria Grenoble - Rhône-Alpes
Franck Picard
1Université de Lyon, F-69000, Lyon; Université Lyon 1; CNRS, UMR5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, F-69622, Villeurbanne, France
Natacha Kremer
1Université de Lyon, F-69000, Lyon; Université Lyon 1; CNRS, UMR5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, F-69622, Villeurbanne, France
Fabrice Vavre
1Université de Lyon, F-69000, Lyon; Université Lyon 1; CNRS, UMR5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, F-69622, Villeurbanne, France
2EPI ERABLE - Inria Grenoble - Rhône-Alpes
Marie-France Sagot
5Department of Biology, UNESP - São Paulo State University, São José do Rio Preto, São Paulo, Brazil
Vincent Lacroix
1Université de Lyon, F-69000, Lyon; Université Lyon 1; CNRS, UMR5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, F-69622, Villeurbanne, France
2EPI ERABLE - Inria Grenoble - Rhône-Alpes
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Posted December 24, 2015.
De novo identification, differential analysis and functional annotation of SNPs from RNA-seq data in non-model species
Hélène Lopez Maestre, Lilia Brinza, Camille Marchet, Janice Kielbassa, Sylvère Bastien, Mathilde Boutigny, David Monnin, Adil El Filali, Claudia Marcia Carareto, Cristina Vieira, Franck Picard, Natacha Kremer, Fabrice Vavre, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
bioRxiv 035238; doi: https://doi.org/10.1101/035238
De novo identification, differential analysis and functional annotation of SNPs from RNA-seq data in non-model species
Hélène Lopez Maestre, Lilia Brinza, Camille Marchet, Janice Kielbassa, Sylvère Bastien, Mathilde Boutigny, David Monnin, Adil El Filali, Claudia Marcia Carareto, Cristina Vieira, Franck Picard, Natacha Kremer, Fabrice Vavre, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
bioRxiv 035238; doi: https://doi.org/10.1101/035238
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