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Evaluation of NGS-based approaches for SARS-CoV-2 whole genome characterisation
Caroline Charre, Christophe Ginevra, Marina Sabatier, Hadrien Regue, Grégory Destras, Solenne Brun, Gwendolyne Burfin, Caroline Scholtes, Florence Morfin, Martine Valette, Bruno Lina, Antonin Bal, Laurence Josset
doi: https://doi.org/10.1101/2020.07.14.201947
Caroline Charre
1Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, Lyon cedex 4, France
2Université de lyon, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL1), Lyon
3Centre de recherche en cancérologie (CRCL), INSERM U1052-69008, Lyon
Christophe Ginevra
4CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, (Team pathogenesis of Legionella), Univ Lyon, Inserm, U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS, UMR5308, ENS de Lyon, 69007, Lyon, France
5Hospices Civils de Lyon, Centre National de Référence des Légionelles, Lyon, France
Marina Sabatier
1Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, Lyon cedex 4, France
2Université de lyon, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL1), Lyon
6Université de Lyon, Virpath, CIRI, INSERM U1111, CNRS UMR5308, ENS Lyon, Université Claude Bernard Lyon 1, Lyon, France
Hadrien Regue
1Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, Lyon cedex 4, France
2Université de lyon, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL1), Lyon
Grégory Destras
1Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, Lyon cedex 4, France
2Université de lyon, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL1), Lyon
6Université de Lyon, Virpath, CIRI, INSERM U1111, CNRS UMR5308, ENS Lyon, Université Claude Bernard Lyon 1, Lyon, France
7Centre National de Référence France-Sud des Virus des Infections Respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, Lyon cedex 4, France
Solenne Brun
1Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, Lyon cedex 4, France
7Centre National de Référence France-Sud des Virus des Infections Respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, Lyon cedex 4, France
Gwendolyne Burfin
1Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, Lyon cedex 4, France
7Centre National de Référence France-Sud des Virus des Infections Respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, Lyon cedex 4, France
Caroline Scholtes
1Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, Lyon cedex 4, France
2Université de lyon, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL1), Lyon
3Centre de recherche en cancérologie (CRCL), INSERM U1052-69008, Lyon
Florence Morfin
1Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, Lyon cedex 4, France
2Université de lyon, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL1), Lyon
6Université de Lyon, Virpath, CIRI, INSERM U1111, CNRS UMR5308, ENS Lyon, Université Claude Bernard Lyon 1, Lyon, France
7Centre National de Référence France-Sud des Virus des Infections Respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, Lyon cedex 4, France
Martine Valette
1Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, Lyon cedex 4, France
7Centre National de Référence France-Sud des Virus des Infections Respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, Lyon cedex 4, France
Bruno Lina
1Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, Lyon cedex 4, France
2Université de lyon, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL1), Lyon
6Université de Lyon, Virpath, CIRI, INSERM U1111, CNRS UMR5308, ENS Lyon, Université Claude Bernard Lyon 1, Lyon, France
7Centre National de Référence France-Sud des Virus des Infections Respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, Lyon cedex 4, France
Antonin Bal
1Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, Lyon cedex 4, France
2Université de lyon, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL1), Lyon
6Université de Lyon, Virpath, CIRI, INSERM U1111, CNRS UMR5308, ENS Lyon, Université Claude Bernard Lyon 1, Lyon, France
7Centre National de Référence France-Sud des Virus des Infections Respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, Lyon cedex 4, France
Laurence Josset
1Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux (IAI), Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, Lyon cedex 4, France
2Université de lyon, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL1), Lyon
6Université de Lyon, Virpath, CIRI, INSERM U1111, CNRS UMR5308, ENS Lyon, Université Claude Bernard Lyon 1, Lyon, France
7Centre National de Référence France-Sud des Virus des Infections Respiratoires, Hospices Civils de Lyon, Groupement Hospitalier Nord, Lyon cedex 4, France
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Posted July 15, 2020.
Evaluation of NGS-based approaches for SARS-CoV-2 whole genome characterisation
Caroline Charre, Christophe Ginevra, Marina Sabatier, Hadrien Regue, Grégory Destras, Solenne Brun, Gwendolyne Burfin, Caroline Scholtes, Florence Morfin, Martine Valette, Bruno Lina, Antonin Bal, Laurence Josset
bioRxiv 2020.07.14.201947; doi: https://doi.org/10.1101/2020.07.14.201947
Evaluation of NGS-based approaches for SARS-CoV-2 whole genome characterisation
Caroline Charre, Christophe Ginevra, Marina Sabatier, Hadrien Regue, Grégory Destras, Solenne Brun, Gwendolyne Burfin, Caroline Scholtes, Florence Morfin, Martine Valette, Bruno Lina, Antonin Bal, Laurence Josset
bioRxiv 2020.07.14.201947; doi: https://doi.org/10.1101/2020.07.14.201947
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