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Quality control implementation for universal characterization of DNA and RNA viruses in clinical respiratory samples using single metagenomic next-generation sequencing workflow
A. Bal, M. Pichon, C. Picard, JS. Casalegno, M. Valette, I. Schuffenecker, L. Billard, S. Vallet, G. Vilchez, V. Cheynet, G. Oriol, S. Assant, Y. Gillet, B. Lina, K. Brengel-Pesce, F. Morfin, L. Josset
doi: https://doi.org/10.1101/367367
A. Bal
1Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Groupement Hospitalier Nord, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France
2Univ Lyon, Université Lyon 1, Faculté de Médecine Lyon Est, CIRI, Inserm U1111 CNRS UMR5308, Virpath, Lyon, France
3Hospices Civils de Lyon, Centre National de Reference des virus respiratoires France Sud, Lyon, France
4Laboratoire Commun de Recherche HCL-bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, Pierre-Bénite, France
M. Pichon
1Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Groupement Hospitalier Nord, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France
2Univ Lyon, Université Lyon 1, Faculté de Médecine Lyon Est, CIRI, Inserm U1111 CNRS UMR5308, Virpath, Lyon, France
3Hospices Civils de Lyon, Centre National de Reference des virus respiratoires France Sud, Lyon, France
C. Picard
5Unité de Biologie des Infections Virales Emergentes, Institut Pasteur, Lyon, France; CIRI Inserm U1111, CNRS 5308, ENS, UCBL, Faculté de Médecine Lyon Est, Université de Lyon, Lyon, France
JS. Casalegno
1Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Groupement Hospitalier Nord, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France
2Univ Lyon, Université Lyon 1, Faculté de Médecine Lyon Est, CIRI, Inserm U1111 CNRS UMR5308, Virpath, Lyon, France
3Hospices Civils de Lyon, Centre National de Reference des virus respiratoires France Sud, Lyon, France
M. Valette
1Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Groupement Hospitalier Nord, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France
2Univ Lyon, Université Lyon 1, Faculté de Médecine Lyon Est, CIRI, Inserm U1111 CNRS UMR5308, Virpath, Lyon, France
3Hospices Civils de Lyon, Centre National de Reference des virus respiratoires France Sud, Lyon, France
I. Schuffenecker
1Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Groupement Hospitalier Nord, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France
L. Billard
6INSERM UMR1078 “Génétique, Génomique Fonctionnelle et Biotechnologies”, Axe Microbiota, Univ Brest, Brest, France
S. Vallet
6INSERM UMR1078 “Génétique, Génomique Fonctionnelle et Biotechnologies”, Axe Microbiota, Univ Brest, Brest, France
7Département de Bactériologie-Virologie, Hygiène et Parasitologie-Mycologie, Pôle de Biologie-Pathologie, Centre Hospitalier Régional et Universitaire de Brest, Hôpital de la Cavale Blanche, Brest, France
G. Vilchez
4Laboratoire Commun de Recherche HCL-bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, Pierre-Bénite, France
V. Cheynet
4Laboratoire Commun de Recherche HCL-bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, Pierre-Bénite, France
G. Oriol
4Laboratoire Commun de Recherche HCL-bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, Pierre-Bénite, France
S. Assant
4Laboratoire Commun de Recherche HCL-bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, Pierre-Bénite, France
Y. Gillet
8Hospices Civils de Lyon, Urgences pédiatriques, Hôpital Femme Mère Enfant, Bron, France
B. Lina
1Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Groupement Hospitalier Nord, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France
2Univ Lyon, Université Lyon 1, Faculté de Médecine Lyon Est, CIRI, Inserm U1111 CNRS UMR5308, Virpath, Lyon, France
3Hospices Civils de Lyon, Centre National de Reference des virus respiratoires France Sud, Lyon, France
K. Brengel-Pesce
4Laboratoire Commun de Recherche HCL-bioMerieux, Centre Hospitalier Lyon Sud, Pierre-Bénite, France
F. Morfin
1Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Groupement Hospitalier Nord, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France
2Univ Lyon, Université Lyon 1, Faculté de Médecine Lyon Est, CIRI, Inserm U1111 CNRS UMR5308, Virpath, Lyon, France
3Hospices Civils de Lyon, Centre National de Reference des virus respiratoires France Sud, Lyon, France
L. Josset
1Laboratoire de Virologie, Institut des Agents Infectieux, Groupement Hospitalier Nord, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France
2Univ Lyon, Université Lyon 1, Faculté de Médecine Lyon Est, CIRI, Inserm U1111 CNRS UMR5308, Virpath, Lyon, France
3Hospices Civils de Lyon, Centre National de Reference des virus respiratoires France Sud, Lyon, France
Posted July 11, 2018.
Quality control implementation for universal characterization of DNA and RNA viruses in clinical respiratory samples using single metagenomic next-generation sequencing workflow
A. Bal, M. Pichon, C. Picard, JS. Casalegno, M. Valette, I. Schuffenecker, L. Billard, S. Vallet, G. Vilchez, V. Cheynet, G. Oriol, S. Assant, Y. Gillet, B. Lina, K. Brengel-Pesce, F. Morfin, L. Josset
bioRxiv 367367; doi: https://doi.org/10.1101/367367
Quality control implementation for universal characterization of DNA and RNA viruses in clinical respiratory samples using single metagenomic next-generation sequencing workflow
A. Bal, M. Pichon, C. Picard, JS. Casalegno, M. Valette, I. Schuffenecker, L. Billard, S. Vallet, G. Vilchez, V. Cheynet, G. Oriol, S. Assant, Y. Gillet, B. Lina, K. Brengel-Pesce, F. Morfin, L. Josset
bioRxiv 367367; doi: https://doi.org/10.1101/367367
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