TY - JOUR T1 - Classification of electrophysiological and morphological types in mouse visual cortex JF - bioRxiv DO - 10.1101/368456 SP - 368456 AU - Nathan W. Gouwens AU - Staci A. Sorensen AU - Jim Berg AU - Changkyu Lee AU - Tim Jarsky AU - Jonathan Ting AU - Susan M. Sunkin AU - David Feng AU - Costas Anastassiou AU - Eliza Barkan AU - Kris Bickley AU - Nicole Blesie AU - Thomas Braun AU - Krissy Brouner AU - Agata Budzillo AU - Shiella Caldejon AU - Tamara Casper AU - Dan Casteli AU - Peter Chong AU - Kirsten Crichton AU - Christine Cuhaciyan AU - L. Daigle Tanya AU - Rachel Dalley AU - Nick Dee AU - Tsega Desta AU - Samuel Dingman AU - Alyse Doperalski AU - Nadezhda Dotson AU - Tom Egdorf AU - Michael Fisher AU - Rebecca A. de Frates AU - Emma Garren AU - Marissa Garwood AU - Amanda Gary AU - Nathalie Gaudreault AU - Keith Godfrey AU - Melissa Gorham AU - Hong Gu AU - Caroline Habel AU - Kristen Hadley AU - James Harrington AU - Julie Harris AU - Alex Henry AU - DiJon Hill AU - Sam Josephsen AU - Sara Kebede AU - Lisa Kim AU - Matthew Kroll AU - Brian Lee AU - Tracy Lemon AU - Xiaoxiao Liu AU - Brian Long AU - Rusty Mann AU - Medea McGraw AU - Stefan Mihalas AU - Alice Mukora AU - Gabe J. Murphy AU - Lindsay Ng AU - Kiet Ngo AU - Thuc Nghi Nguyen AU - Philip R. Nicovich AU - Aaron Oldre AU - Daniel Park AU - Sheana Parry AU - Jed Perkins AU - Lydia Potekhina AU - David Reid AU - Miranda Robertson AU - David Sandman AU - Martin Schroedter AU - Cliff Slaughterbeck AU - Gilberto Soler-Llavina AU - Josef Sulc AU - Aaron Szafer AU - Bosiljka Tasic AU - Naz Taskin AU - Corinne Teeter AU - Nivretta Thatra AU - Herman Tung AU - Wayne Wakeman AU - Grace Williams AU - Rob Young AU - Zhi Zhou AU - Colin Farrell AU - Hanchuan Peng AU - Michael J. Hawrylycz AU - Ed Lein AU - Lydia Ng AU - Anton Arkhipov AU - Amy Bernard AU - John W. Phillips AU - Hongkui Zeng AU - Christof Koch Y1 - 2018/01/01 UR - http://biorxiv.org/content/early/2018/07/17/368456.abstract N2 - Understanding the diversity of cell types in the brain has been an enduring challenge and requires detailed characterization of individual neurons in multiple dimensions. To profile morpho-electric properties of mammalian neurons systematically, we established a single cell characterization pipeline using standardized patch clamp recordings in brain slices and biocytin-based neuronal reconstructions. We built a publicly-accessible online database, the Allen Cell Types Database, to display these data sets. Intrinsic physiological and morphological properties were measured from over 1,800 neurons from the adult laboratory mouse visual cortex. Quantitative features were used to classify neurons into distinct types using unsupervised methods. We establish a taxonomy of morphologically- and electrophysiologically-defined cell types for this region of cortex with 17 e-types and 35 m-types, as well as an initial correspondence with previously-defined transcriptomic cell types using the same transgenic mouse lines. ER -