TY - JOUR T1 - Bioconda: A sustainable and comprehensive software distribution for the life sciences JF - bioRxiv DO - 10.1101/207092 SP - 207092 AU - Ryan Dale AU - Björn Grüning AU - Andreas Sjödin AU - Jillian Rowe AU - Brad A. Chapman AU - Christopher H. Tomkins-Tinch AU - Renan Valieris AU - Bérénice Batut AU - Adam Caprez AU - Thomas Cokelaer AU - Dilmurat Yusuf AU - Kyle A. Beauchamp AU - Karel Brinda AU - Thomas Wollmann AU - Gildas Le Corguillé AU - Devon Ryan AU - Anthony Bretaudeau AU - Youri Hoogstrate AU - Brent S Pedersen AU - Simon van Heeringen AU - Martin Raden AU - Sebastian Luna-Valero AU - Nicola Soranzo AU - Matthias De Smet AU - Greg Von Kuster AU - Rory Kirchner AU - Lorena Pantano AU - Zachary Charlop-Powers AU - Kevin Thornton AU - Marcel Martin AU - Marius van den Beek AU - Daniel Maticzka AU - Milad Miladi AU - Sebastian Will AU - Kévin Gravouil AU - Per Unneberg AU - Christian Brueffer AU - Clemens Blank AU - Vitor C. Piro AU - Joachim Wolff AU - Tiago Antao AU - Simon Gladman AU - Ilya Shlyakhter AU - Mattias de Hollander AU - Philip Mabon AU - Wei Shen AU - Jorrit Boekel AU - Manuel Holtgrewe AU - Dave Bouvier AU - Julian R. de Ruiter AU - Jennifer Cabral AU - Saket Choudhary AU - Nicholas Harding AU - Robert Kleinkauf AU - Eric Enns AU - Florian Eggenhofer AU - Joseph Brown AU - Peter J. A. Cock AU - Henning Timm AU - Cristel Thomas AU - Xiao-Ou Zhang AU - Matt Chambers AU - Nitesh Turaga AU - Enrico Seiler AU - Colin Brislawn AU - Elmar Pruesse AU - Jörg Fallmann AU - Jerome Kelleher AU - Hai Nguyen AU - Lance Parsons AU - Zhuoqing Fang AU - Endre Bakken Stovner AU - Nicholas Stoler AU - Simon Ye AU - Inken Wohlers AU - Rick Farouni AU - Mallory Freeberg AU - James E. Johnson AU - Marcel Bargull AU - Philip Reiner Kensche AU - Timothy H. Webster AU - John M Eppley AU - Christoph Stahl AU - Alexander S. Rose AU - Alex Reynolds AU - Liang-Bo Wang AU - Xavier Garnier AU - Simon Dirmeier AU - Michael Knudsen AU - James Taylor AU - Avi Srivastava AU - Vivek Rai AU - Rasmus Agren AU - Alexander Junge AU - Roman Valls Guimera AU - Aziz Khan AU - Sebastian Schmeier AU - Guowei He AU - Luca Pinello AU - Emil Hägglund AU - Alexander S. Mikheyev AU - Jens Preussner AU - Nicholas R. Waters AU - Wei Li AU - Jordi Capellades AU - Aroon T. Chande AU - Yuri Pirola AU - Saskia Hiltemann AU - Matthew L. Bendall AU - Sourav Singh AU - W. Augustine Dunn AU - Alexandre Drouin AU - Tomás Di Domenico AU - Ino de Bruijn AU - David E. Larson AU - Davide Chicco AU - Elena Grassi AU - Giorgio Gonnella AU - B. Jaivarsan AU - Liya Wang AU - Franck Giacomoni AU - Erik Clarke AU - Daniel Blankenberg AU - Camy Tran AU - Rob Patro AU - Sacha Laurent AU - Matthew Gopez AU - Bengt Sennblad AU - Jasmijn A. Baaijens AU - Philip Ewels AU - Patrick R. Wright AU - Oana M. Enache AU - Pierrick Roger AU - Will Dampier AU - David Koppstein AU - Upendra Kumar Devisetty AU - Tobias Rausch AU - MacIntosh Cornwell AU - Adrian Emanuel Salatino AU - Julien Seiler AU - Matthieu Jung AU - Etienne Kornobis AU - Fabio Cumbo AU - Bianca Katharina Stöcker AU - Oleksandr Moskalenko AU - Daniel R. Bogema AU - Matthew L. Workentine AU - Stephen J. Newhouse AU - Felipe da Veiga Leprevost AU - Kevin Arvai AU - Johannes Köster Y1 - 2017/01/01 UR - http://biorxiv.org/content/early/2017/10/21/207092.abstract N2 - We present Bioconda (https://bioconda.github.io), a distribution of bioinformatics software for the lightweight, multi-platform and language-agnostic package manager, Conda. Currently, Bioconda offers a collection of over 2900 software tools, which are continuously maintained, updated, and extended by a growing global community of more than 200 contributors. Bioconda improves analysis reproducibility by allowing users to define isolated environments with defined software versions, all of which are easily installed and managed without administrative privileges. ER -