PT - JOURNAL ARTICLE AU - Naihui Zhou AU - Yuxiang Jiang AU - Timothy R Bergquist AU - Alexandra J Lee AU - Balint Z Kacsoh AU - Alex W Crocker AU - Kimberley A Lewis AU - George Georghiou AU - Huy N Nguyen AU - Md Nafiz Hamid AU - Larry Davis AU - Tunca Dogan AU - Volkan Atalay AU - Ahmet S Rifaioglu AU - Alperen Dalkiran AU - Rengul Cetin-Atalay AU - Chengxin Zhang AU - Rebecca L Hurto AU - Peter L Freddolino AU - Yang Zhang AU - Prajwal Bhat AU - Fran Supek AU - José M Fernández AU - Branislava Gemovic AU - Vladimir R Perovic AU - Radoslav S Davidović AU - Neven Sumonja AU - Nevena Veljkovic AU - Ehsaneddin Asgari AU - Mohammad RK Mofrad AU - Giuseppe Profiti AU - Castrense Savojardo AU - Pier Luigi Martelli AU - Rita Casadio AU - Florian Boecker AU - Indika Kahanda AU - Natalie Thurlby AU - Alice C McHardy AU - Alexandre Renaux AU - Rabie Saidi AU - Julian Gough AU - Alex A Freitas AU - Magdalena Antczak AU - Fabio Fabris AU - Mark N Wass AU - Jie Hou AU - Jianlin Cheng AU - Jie Hou AU - Zheng Wang AU - Alfonso E Romero AU - Alberto Paccanaro AU - Haixuan Yang AU - Tatyana Goldberg AU - Chenguang Zhao AU - Liisa Holm AU - Petri Törönen AU - Alan J Medlar AU - Elaine Zosa AU - Itamar Borukhov AU - Ilya Novikov AU - Angela Wilkins AU - Olivier Lichtarge AU - Po-Han Chi AU - Wei-Cheng Tseng AU - Michal Linial AU - Peter W Rose AU - Christophe Dessimoz AU - Vedrana Vidulin AU - Saso Dzeroski AU - Ian Sillitoe AU - Sayoni Das AU - Jonathan Gill Lees AU - David T Jones AU - Cen Wan AU - Domenico Cozzetto AU - Rui Fa AU - Mateo Torres AU - Alex Wiarwick Vesztrocy AU - Jose Manuel Rodriguez AU - Michael L Tress AU - Marco Frasca AU - Marco Notaro AU - Giuliano Grossi AU - Alessandro Petrini AU - Matteo Re AU - Giorgio Valentini AU - Marco Mesiti AU - Daniel B Roche AU - Jonas Reeb AU - David W Ritchie AU - Sabeur Aridhi AU - Seyed Ziaeddin Alborzi AU - Marie-Dominique Devignes AU - Da Chen Emily Koo AU - Richard Bonneau AU - Vladimir Gligorijević AU - Meet Barot AU - Hai Fang AU - Stefano Toppo AU - Enrico Lavezzo AU - Marco Falda AU - Michele Berselli AU - Silvio CE Tosatto AU - Marco Carraro AU - Damiano Piovesan AU - Hafeez Ur Rehman AU - Qizhong Mao AU - Shanshan Zhang AU - Slobodan Vucetic AU - Gage S Black AU - Dane Jo AU - Dallas J Larsen AU - Ashton R Omdahl AU - Luke W Sagers AU - Erica Suh AU - Jonathan B Dayton AU - Liam J McGuffin AU - Danielle A Brackenridge AU - Patricia C Babbitt AU - Jeffrey M Yunes AU - Paolo Fontana AU - Feng Zhang AU - Shanfeng Zhu AU - Ronghui You AU - Zihan Zhang AU - Suyang Dai AU - Shuwei Yao AU - Weidong Tian AU - Renzhi Cao AU - Caleb Chandler AU - Miguel Amezola AU - Devon Johnson AU - Jia-Ming Chang AU - Wen-Hung Liao AU - Yi-Wei Liu AU - Stefano Pascarelli AU - Yotam Frank AU - Robert Hoehndorf AU - Maxat Kulmanov AU - Imane Boudellioua AU - Gianfranco Politano AU - Stefano Di Carlo AU - Alfredo Benso AU - Kai Hakala AU - Filip Ginter AU - Farrokh Mehryary AU - Suwisa Kaewphan AU - Jari Björne AU - Hans Moen AU - Martti E E Tolvanen AU - Tapio Salakoski AU - Daisuke Kihara AU - Aashish Jain AU - Tomislav Šmuc AU - Adrian Altenhoff AU - Asa Ben-Hur AU - Burkhard Rost AU - Steven E Brenner AU - Christine A Orengo AU - Constance J Jeffery AU - Giovanni Bosco AU - Deborah A Hogan AU - Maria J Martin AU - Claire O’Donovan AU - Sean D Mooney AU - Casey S Greene AU - Predrag Radivojac AU - Iddo Friedberg TI - The CAFA challenge reports improved protein function prediction and new functional annotations for hundreds of genes through experimental screens AID - 10.1101/653105 DP - 2019 Jan 01 TA - bioRxiv PG - 653105 4099 - http://biorxiv.org/content/early/2019/05/29/653105.short 4100 - http://biorxiv.org/content/early/2019/05/29/653105.full AB - The Critical Assessment of Functional Annotation (CAFA) is an ongoing, global, community-driven effort to evaluate and improve the computational annotation of protein function. Here we report on the results of the third CAFA challenge, CAFA3, that featured an expanded analysis over the previous CAFA rounds, both in terms of volume of data analyzed and the types of analysis performed. In a novel and major new development, computational predictions and assessment goals drove some of the experimental assays, resulting in new functional annotations for more than 1000 genes. Specifically, we performed experimental whole-genome mutation screening in Candida albicans and Pseudomonas aureginosa genomes, which provided us with genome-wide experimental data for genes associated with biofilm formation and motility (P. aureginosa only). We further performed targeted assays on selected genes in Drosophila melanogaster, which we suspected of being involved in long-term memory. We conclude that, while predictions of the molecular function and biological process annotations have slightly improved over time, those of the cellular component have not. Term-centric prediction of experimental annotations remains equally challenging; although the performance of the top methods is significantly better than expectations set by baseline methods in C. albicans and D. melanogaster, it leaves considerable room and need for improvement. We finally report that the CAFA community now involves a broad range of participants with expertise in bioinformatics, biological experimentation, biocuration, and bioontologies, working together to improve functional annotation, computational function prediction, and our ability to manage big data in the era of large experimental screens.