PT - JOURNAL ARTICLE AU - Nicholas Schaum AU - Jim Karkanias AU - Norma F Neff AU - Andrew P. May AU - Stephen R. Quake AU - Tony Wyss-Coray AU - Spyros Darmanis AU - Joshua Batson AU - Olga Botvinnik AU - Michelle B. Chen AU - Steven Chen AU - Foad Green AU - Robert Jones AU - Ashley Maynard AU - Lolita Penland AU - Rene V. Sit AU - Geoffrey M. Stanley AU - James T. Webber AU - Fabio Zanini AU - Ankit S. Baghel AU - Isaac Bakerman AU - Ishita Bansal AU - Daniela Berdnik AU - Biter Bilen AU - Douglas Brownfield AU - Corey Cain AU - Michelle B. Chen AU - Steven Chen AU - Min Cho AU - Giana Cirolia AU - Stephanie D. Conley AU - Spyros Darmanis AU - Aaron Demers AU - Kubilay Demir AU - Antoine de Morree AU - Tessa Divita AU - Haley du Bois AU - Laughing Bear Torrez Dulgeroff AU - Hamid Ebadi AU - F. Hernan Espinoza AU - Matt Fish AU - Qiang Gan AU - Benson M. George AU - Astrid Gillich AU - Foad Green AU - Geraldine Genetiano AU - Xueying Gu AU - Gunsagar S. Gulati AU - Yan Hang AU - Shayan Hosseinzadeh AU - Albin Huang AU - Tal Iram AU - Taichi Isobe AU - Feather Ives AU - Robert Jones AU - Kevin S. Kao AU - Guruswamy Karnam AU - Aaron M. Kershner AU - Bernhard Kiss AU - William Kong AU - Maya E. Kumar AU - Jonathan Lam AU - Davis P. Lee AU - Song E. Lee AU - Guang Li AU - Qingyun Li AU - Ling Liu AU - Annie Lo AU - Wan-Jin Lu AU - Anoop Manjunath AU - Andrew P. May AU - Kaia L. May AU - Oliver L. May AU - Ashley Maynard AU - Marina McKay AU - Ross J. Metzger AU - Marco Mignardi AU - Dullei Min AU - Ahmad N. Nabhan AU - Norma F Neff AU - Katharine M. Ng AU - Joseph Noh AU - Rasika Patkar AU - Weng Chuan Peng AU - Lolita Penland AU - Robert Puccinelli AU - Eric J. Rulifson AU - Nicholas Schaum AU - Shaheen S. Sikandar AU - Rahul Sinha AU - Rene V Sit AU - Krzysztof Szade AU - Weilun Tan AU - Cristina Tato AU - Krissie Tellez AU - Kyle J. Travaglini AU - Carolina Tropini AU - Lucas Waldburger AU - Linda J. van Weele AU - Michael N. Wosczyna AU - Jinyi Xiang AU - Soso Xue AU - Justin Youngyunpipatkul AU - Fabio Zanini AU - Macy E. Zardeneta AU - Fan Zhang AU - Lu Zhou AU - Ishita Bansal AU - Steven Chen AU - Min Cho AU - Giana Cirolia AU - Spyros Darmanis AU - Aaron Demers AU - Tessa Divita AU - Hamid Ebadi AU - Geraldine Genetiano AU - Foad Green AU - Shayan Hosseinzadeh AU - Feather Ives AU - Annie Lo AU - Andrew P. May AU - Ashley Maynard AU - Marina McKay AU - Norma F. Neff AU - Lolita Penland AU - Rene V. Sit AU - Weilun Tan AU - Lucas Waldburger AU - Justin Youngyunpipatkul AU - Joshua Batson AU - Olga Botvinnik AU - Paola Castro AU - Derek Croote AU - Spyros Darmanis AU - Joseph L. DeRisi AU - Jim Karkanias AU - Angela Pisco AU - Geoffrey M. Stanley AU - James T. Webber AU - Fabio Zanini AU - Ankit S. Baghel AU - Isaac Bakerman AU - Joshua Batson AU - Biter Bilen AU - Olga Botvinnik AU - Douglas Brownfield AU - Michelle B. Chen AU - Spyros Darmanis AU - Kubilay Demir AU - Antoine de Morree AU - Hamid Ebadi AU - F. Hernan Espinoza AU - Matt Fish AU - Qiang Gan AU - Benson M. George AU - Astrid Gillich AU - Xueying Gu AU - Gunsagar S. Gulati AU - Yan Hang AU - Albin Huang AU - Tal Iram AU - Taichi Isobe AU - Guruswamy Karnam AU - Aaron M. Kershner AU - Bernhard M. Kiss AU - William Kong AU - Christin S. Kuo AU - Jonathan Lam AU - Benoit Lehallier AU - Guang Li AU - Qingyun Li AU - Ling Liu AU - Wan-Jin Lu AU - Dullei Min AU - Ahmad N. Nabhan AU - Katharine M. Ng AU - Patricia K. Nguyen AU - Rasika Patkar AU - Weng Chuan Peng AU - Lolita Penland AU - Eric J. Rulifson AU - Nicholas Schaum AU - Shaheen S. Sikandar AU - Rahul Sinha AU - Krzysztof Szade AU - Serena Y. Tan AU - Krissie Tellez AU - Kyle J. Travaglini AU - Carolina Tropini AU - Linda J. van Weele AU - Bruce M. Wang AU - Michael N. Wosczyna AU - Jinyi Xiang AU - Hanadie Yousef AU - Lu Zhou AU - Joshua Batson AU - Olga Botvinnik AU - Steven Chen AU - Spyros Darmanis AU - Foad Green AU - Andrew P. May AU - Ashley Maynard AU - Angela Pisco AU - Stephen R. Quake AU - Nicholas Schaum AU - Geoffrey M. Stanley AU - James T. Webber AU - Tony Wyss-Coray AU - Fabio Zanini AU - Philip A. Beachy AU - Charles K. F. Chan AU - Antoine de Morree AU - Benson M. George AU - Gunsagar S. Gulati AU - Yan Hang AU - Kerwyn Casey Huang AU - Tal Iram AU - Taichi Isobe AU - Aaron M. Kershner AU - Bernhard M. Kiss AU - William Kong AU - Guang Li AU - Qingyun Li AU - Ling Liu AU - Wan-Jin Lu AU - Ahmad N. Nabhan AU - Katharine M. Ng AU - Patricia K. Nguyen AU - Nicholas Schaum AU - Shaheen S. Sikandar AU - Rahul Sinha AU - Krzysztof Szade AU - Kyle J. Travaglini AU - Carolina Tropini AU - Bruce M. Wang AU - Kenneth Weinberg AU - Michael N. Wosczyna AU - Sean Wu AU - Hanadie Yousef AU - Ben A. Barres AU - Philip A. Beachy AU - Charles K. F. Chan AU - Michael F. Clarke AU - Spyros Darmanis AU - Kerwyn Casey Huang AU - Jim Karkanias AU - Seung K. Kim AU - Mark A. Krasnow AU - Christin S. Kuo AU - Andrew P. May AU - Norma Neff AU - Roel Nusse AU - Patricia K. Nguyen AU - Thomas A. Rando AU - Justin Sonnenburg AU - Bruce M. Wang AU - Kenneth Weinberg AU - Irving L. Weissman AU - Sean M. Wu AU - Stephen R. Quake AU - Tony Wyss-Coray TI - Single-cell transcriptomic characterization of 20 organs and tissues from individual mice creates a <em>Tabula Muris</em> AID - 10.1101/237446 DP - 2018 Jan 01 TA - bioRxiv PG - 237446 4099 - http://biorxiv.org/content/early/2018/03/29/237446.short 4100 - http://biorxiv.org/content/early/2018/03/29/237446.full AB - We have created a compendium of single cell transcriptome data from the model organism Mus musculus comprising more than 100,000 cells from 20 organs and tissues. These data represent a new resource for cell biology, revealing gene expression in poorly characterized cell populations and allowing for direct and controlled comparison of gene expression in cell types shared between tissues, such as T-lymphocytes and endothelial cells from distinct anatomical locations. Two distinct technical approaches were used for most tissues: one approach, microfluidic droplet-based 3’-end counting, enabled the survey of thousands of cells at relatively low coverage, while the other, FACS-based full length transcript analysis, enabled characterization of cell types with high sensitivity and coverage. The cumulative data provide the foundation for an atlas of transcriptomic cell biology.