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Epidemic establishment and cryptic transmission of Zika virus in Brazil and the Americas

N. R. Faria, J. Quick, I. Morales, J. Thézé, J.G. Jesus, M. Giovanetti, M. U. G. Kraemer, S. C. Hill, A. Black, A. C. da Costa, L.C. Franco, S. P. Silva, C.-H. Wu, J. Raghwani, S. Cauchemez, L. du Plessis, M. P. Verotti, W. K. de Oliveira, E. H. Carmo, G. E. Coelho, A. C. F. S. Santelli, L. C. Vinhal, C. M. Henriques, J. T. Simpson, M. Loose, K. G. Andersen, N. D. Grubaugh, S. Somasekar, C. Y. Chiu, J. E. Muñoz-Medina, C. R. Gonzalez-Bonilla, C. F. Arias, L. L. Lewis-Ximenez, S.A. Baylis, A. O. Chieppe, S. F. Aguiar, C. A. Fernandes, P. S. Lemos, B. L. S. Nascimento, H. A. O. Monteiro, I. C. Siqueira, M. G. de Queiroz, T. R. de Souza, J. F. Bezerra, M. R. Lemos, G. F. Pereira, D. Loudal, L. C. Moura, R. Dhalia, R. F. França, T. Magalhães, E. T. Marques Jr., T. Jaenisch, G. L. Wallau, M. C. de Lima, V. Nascimento, E. M. de Cerqueira, M. M. de Lima, D. L. Mascarenhas, J. P. Moura Neto, A. S. Levin, T. R. Tozetto-Mendoza, S. N. Fonseca, M. C. Mendes-Correa, F.P. Milagres, A. Segurado, E. C. Holmes, A. Rambaut, T. Bedford, M. R. T. Nunes, E. C. Sabino, L. C. J. Alcantara, N. Loman, O. G. Pybus
doi: https://doi.org/10.1101/105171

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https://doi.org/10.1101/105171
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  • March 27, 2017.

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  1. N. R. Faria*1,2,
  2. J. Quick3*,
  3. I. Morales4*,
  4. J. Thézé1*,
  5. J.G. Jesus5*,
  6. M. Giovanetti5,6*,
  7. M. U. G. Kraemer1,7,8*,
  8. S. C. Hill1*,
  9. A. Black9,10*,
  10. A. C. da Costa3,
  11. L.C. Franco2,
  12. S. P. Silva2,
  13. C.-H. Wu11,
  14. J. Raghwani1,
  15. S. Cauchemez12,13,
  16. L. du Plessis1,
  17. M. P. Verotti14,
  18. W. K. de Oliveira15,16,
  19. E. H. Carmo17,
  20. G. E. Coelho18,19,
  21. A. C. F. S. Santelli18,20,
  22. L. C. Vinhal18,
  23. C. M. Henriques17,
  24. J. T. Simpson21,
  25. M. Loose22,
  26. K. G. Andersen23,
  27. N. D. Grubaugh23,
  28. S. Somasekar24,
  29. C. Y. Chiu24,
  30. J. E. Muñoz-Medina25,
  31. C. R. Gonzalez-Bonilla25,
  32. C. F. Arias26,
  33. L. L. Lewis-Ximenez27,
  34. S.A. Baylis28,
  35. A. O. Chieppe29,
  36. S. F. Aguiar29,
  37. C. A. Fernandes29,
  38. P. S. Lemos2,
  39. B. L. S. Nascimento2,
  40. H. A. O. Monteiro2,
  41. I. C. Siqueira5,
  42. M. G. de Queiroz30,
  43. T. R. de Souza30,31,
  44. J. F. Bezerra30,32,
  45. M. R. Lemos33,
  46. G. F. Pereira33,
  47. D. Loudal33,
  48. L. C. Moura33,
  49. R. Dhalia34,
  50. R. F. França34,
  51. T. Magalhães34,
  52. E. T. Marques Jr.34,35,
  53. T. Jaenisch36,
  54. G. L. Wallau34,
  55. M. C. de Lima37,
  56. V. Nascimento37,
  57. E. M. de Cerqueira38,
  58. M. M. de Lima38,
  59. D. L. Mascarenhas39,
  60. J. P. Moura Neto40,
  61. A. S. Levin4,
  62. T. R. Tozetto-Mendoza4,
  63. S. N. Fonseca41,
  64. M. C. Mendes-Correa4,
  65. F.P. Milagres42,
  66. A. Segurado4,
  67. E. C. Holmes43,
  68. A. Rambaut44,45,
  69. T. Bedford7,
  70. M. R. T. Nunes*2,46,
  71. E. C. Sabino4,*,
  72. L. C. J. Alcantara5,*,
  73. N. Loman3,* and
  74. O. G. Pybus1,47,*
  1. 1Department of Zoology, University of Oxford, Oxford OX3 1PS, UK
  2. 2Evandro Chagas Institute, Ministry of Health, Ananindeua, Brazil
  3. 3Institute of Microbiology and Infection, University of Birmingham, UK
  4. 4Department of Infectious Disease, School of Medicine & Institute of Tropical Medicine, University of São Paulo, Brazil
  5. 5Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), Salvador, Bahia, Brazil
  6. 6University of Rome Tor Vergata, Rome, Italy
  7. 7Harvard Medical School, Boston, MA, USA
  8. 8Boston Children’s Hospital, Boston, MA, USA
  9. 9Vaccine and Infectious Disease Division, Fred Hutchinson Cancer Research Center, Seattle, WA, USA
  10. 10Department of Epidemiology, University of Washington, Seattle, WA, USA
  11. 11Department of Statistics, University of Oxford, Oxford OX3 1PS, UK
  12. 12Mathematical Modelling of Infectious Diseases and Center of Bioinformatics, Biostatistics and Integrative Biology, Institut Pasteur, Paris, France
  13. 13Centre National de la Recherche Scientifique, URA3012, Paris, France
  14. 14Coordenação dos Laboratórios de Saúde (CGLAB/DEVIT/SVS), Ministry of Health, Brasília, Brazil
  15. 15Coordenação Geral de Vigilância e Resposta às Emergências em Saúde Pública (CGVR/DEVIT), Ministry of Health, Brasília, Brazil
  16. 16Center of Data and Knowledge Integration for Health (CIDACS), Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), Brazil
  17. 17Departamento de Vigilância das Doenças Transmissíveis, Ministry of Health, Brasilia, Brazil
  18. 18Coordenação Geral dos Programas de Controle e Prevenção da Malária e das Doenças Transmitidas pelo Aedes, Ministry of Health, Brasília, Brazil
  19. 19Pan American Health Organization (PAHO), Buenos Aires, Argentina
  20. 20Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), Rio de Janeiro, Brazil
  21. 21Ontario Institute for Cancer Research, Toronto, Canada
  22. 22University of Nottingham, Nottingham, UK
  23. 23Department of Immunology and Microbial Science, The Scripps Research Institute, La Jolla, CA 92037, USA
  24. 24Departments of Laboratory Medicine and Medicine & Infectious Diseases, University of California, San Francisco, USA
  25. 25División de Laboratorios de Vigilancia e Investigación Epidemiológica, Instituto Mexicano del Seguro Social, Ciudad de México, Mexico
  26. 26Instituto de Biotecnología, Universidad Nacional Autónoma de México, Cuernavaca, Mexico
  27. 27Instituto Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), Rio de Janeiro, Brazil
  28. 28Paul-Ehrlich-Institut, Langen, Germany
  29. 29Laboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels, Rio de Janeiro, Brazil
  30. 30Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Rio Grande do Norte, Natal, Brazil
  31. 31Universidade Potiguar do Rio Grande do Norte, Natal, Brazil
  32. 32Faculdade Natalense de Ensino e Cultura, Rio Grande do Norte, Natal, Brazil
  33. 33Laboratório Central de Saúde Pública do Estado da Paraíba, João Pessoa, Brazil
  34. 34Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), Recife, Pernambuco, Brazil
  35. 35Center for Vaccine Research, Graduate School of Public Health, University of Pittsburgh, Pittsburgh, PA, USA
  36. 36Section Clinical Tropical Medicine, Department for Infectious Diseases, Heidelberg University Hospital, Heidelberg, Germany
  37. 37Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Alagoas, Maceió, Brazil
  38. 38Universidade Estadual de Feira de Santana, Feira de Santana, Bahia, Brazil
  39. 39Secretaria de Saúde de Feira de Santana, Feira de Santana, Bahia, Brazil
  40. 40Universidade Federal do Amazonas, Manaus, Brazil
  41. 41Hospital São Francisco, Ribeirão Preto, Brazil
  42. 42Universidade Federal do Tocantins, Palmas, Brazil
  43. 43University of Sydney, Sydney, Australia
  44. 44Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh, Edinburgh EH9 3FL, UK
  45. 45Fogarty International Center, National Institutes of Health, Bethesda, MD 20892, USA
  46. 46Department of Pathology, University of Texas Medical Branch, Galveston, TX 77555, USA
  47. 47Metabiota, San Francisco, CA 94104, USA
  1. ↵Correspondence to: Prof. Luiz Carlos Junior Alcantara, Gonçalo Moniz Institute/FIOCRUZ, Rua Waldemar Falcão 121, Candeal, Salvador, Bahia, 40295-001, Tel: +55, (71)3351-9525 Email: lalcan{at}bahia.fiocruz.br
  2. Correspondence to: Prof. Ester C. Sabino, Institute of Tropical Medicine, Av Dr Eneas de Carvalho Aguiar 470., São Paulo 05403-000 Brazil., Tel: +551130618702, Email: sabinoec{at}usp.br
  3. Correspondence to: Dr. Nick Loman, School of Biosciences, University of Birmingham, Edgbaston, Birmingham B15 2TT UK, Tel: +44(0)121 4145564, Email: n.j.loman{at}bham.ac.uk
  4. Correspondence to: Prof. Oliver G. Pybus, Department of Zoology, University of Oxford South Parks Road, OX3 1PS, Tel: +44(0)1865271274
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Posted March 27, 2017.
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N. R. Faria, J. Quick, I. Morales, J. Thézé, J.G. Jesus, M. Giovanetti, M. U. G. Kraemer, S. C. Hill, A. Black, A. C. da Costa, L.C. Franco, S. P. Silva, C.-H. Wu, J. Raghwani, S. Cauchemez, L. du Plessis, M. P. Verotti, W. K. de Oliveira, E. H. Carmo, G. E. Coelho, A. C. F. S. Santelli, L. C. Vinhal, C. M. Henriques, J. T. Simpson, M. Loose, K. G. Andersen, N. D. Grubaugh, S. Somasekar, C. Y. Chiu, J. E. Muñoz-Medina, C. R. Gonzalez-Bonilla, C. F. Arias, L. L. Lewis-Ximenez, S.A. Baylis, A. O. Chieppe, S. F. Aguiar, C. A. Fernandes, P. S. Lemos, B. L. S. Nascimento, H. A. O. Monteiro, I. C. Siqueira, M. G. de Queiroz, T. R. de Souza, J. F. Bezerra, M. R. Lemos, G. F. Pereira, D. Loudal, L. C. Moura, R. Dhalia, R. F. França, T. Magalhães, E. T. Marques Jr., T. Jaenisch, G. L. Wallau, M. C. de Lima, V. Nascimento, E. M. de Cerqueira, M. M. de Lima, D. L. Mascarenhas, J. P. Moura Neto, A. S. Levin, T. R. Tozetto-Mendoza, S. N. Fonseca, M. C. Mendes-Correa, F.P. Milagres, A. Segurado, E. C. Holmes, A. Rambaut, T. Bedford, M. R. T. Nunes, E. C. Sabino, L. C. J. Alcantara, N. Loman, O. G. Pybus
bioRxiv 105171; doi: https://doi.org/10.1101/105171
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